Joanikije II je bio prvi srpski patrijarh: Izabrao ga je Car Dušan, teško bolestan želeo samo jedno, ali nije dočekao...
Srednjovekovna srpska država je za vreme Dušana Silnog doživela svoj vrhunac. Bila je najmoćnija i najjača država na Balkanu, pa je Dušan smatrao da je kraljevina treba da se izdigne u carstvo. Da bi mogao da se kruniše za cara, Dušan je srpsku crkvu sa arhiepiskopije uzdigao na nivo patrijaršije.
Dušan Silni je u 14. veku osvajanjem vizantijskih teritorija znatno proširio granice svog kraljevstva, a onda je odlučio da srednjovekovnu srpsku državu proglasi za carevinu. Za to mu je, između ostalog, prethodno bilo potrebno da Srpsku pravoslavnu crkvu sa arhiepiskopije uzdigne na nivo patrijaršije.
U prvoj polovini 1346. godine dobijena je saglasnost ostalih autokefalnih, odnosno samostalnih crkava i svečani čin obavljen je na Vaksrs, 16. aprila 1436, u prestonom gradu Skoplju.
Za patrijarha „vsem Srblje i Pomorju“, to jest patrijarha „svih srpskih zemalja i pomorskih“, proglašen je arhiepiskop Joanikije II, koji je i do tada bio na čelu Crkve. Odmah zatim on je miropomazao Dušana, koji je proglašen za „u Hristu Bogu blagovernoga cara“, a njegova žena Jelena za „blagovernu i hristoljubivu caricu carstva avgustu“.
Po proglašenju patrijaršije, na čelo skopske mitropolije, ohridske arhiepiskopije i postojećih i novih episkopija postavljeni su srpski jerarsi.
Joanikije je rodom iz Prizrena i o njegovom poreklu malo se zna. Najverovatnije je bio iz vlastelinske porodice pošto mu je Dušan poverio službu na svom dvoru, odakle je 1338. godine i stupio na presto arhiepiskopa kad je preminuo Danilo II.
I kao arhiepiskop i kao patrijarh, Joanikije je bio na čelu Crkve u vreme velikih političkih događaja u srednjovekovnoj Srbiji.
Tri godine posle uspostavljanja carstva i patrijaršije, 1349. godine na velikom saboru u Skoplju objavljen je Dušanov zakonik, kojim je uzakonjeno srpsko carstvo i srpska crkva. Tada je proklamovan glavni deo, prvih 135 članova, a ostatak od 201 člana donet je šest godina kasnije. Veliki udeo u izradi Dušanovog zakonika imao je patrijarh Joanikije II, posebno u onim delovima gde se govori o Crkvi.
U leto 1354. godine Mađari su napali Srbiju i došli do Rudnika. Car Dušan krenuo im je u susret, i pozvao Joanikija da iz Peći, gde je bila patrijaršija, dođe u Žiču. Nisu poznati razlozi za ovaj Dušanov postupak, a neki istoričari pretpostavljaju da se car sa patrijarhom savetovao o kontaktima koje je preko posrednika, imao sa papom Inokentijem VI. Joanikije se protivio vezama sa katoličkim poglavarom.
Prvi srpski patrijarh se tokom ovih razgovora u Žiči teško razboleo i zatražio da ga vrate u patrijaršiju, ali nije stigao živ u Peć. Umro je 3. septembra 1354. godine u Polumiru kod Ušća.
Telo mu je preneto u Pećku patrijaršiju i sahranjeno u grobnici koju je sam sebi za života pripremio u sredini Crkve Svetih apostola. Nad njegovim grobom naslikana je kompozicija koja prikazuje opelo koje vrše dvojica episkopa sa sveštenicima i đakonima. Srpska pravoslavna crkva proglasila ga je za sveca i slavi ga 16. septembra, a njegov lik predstavljen je na freskama u Sopoćanima, Dečanima, Pećkoj patrijaršiji, Gračanici, Sabornoj crkvi u Beogradu...
Joanikije, koji je na čelu Srpske crkve, kao arhiepiskop i patrijarh, proveo gotovo sedamnaest godina, sagradio je u Palestini crkve Svetog Ilije i Svetog Nikole, a obnavljao je i darovao mnoge crkve u Srbiji.
Naslednik Sava IV
Posle smrti Joanikija, prvog patrijarha srpskog, car Dušan je u Seru sazvao sabor „srpski i grčki“, koji je 1354. godine za drugog srpskog patrijarha izabrao igumana manastira Hilandara Savu.
Patrijarh Pavle bio je čovek - ljubav