SRPSKI SOJ: U prvom i drugom talasu korona na poseban način mutirala u Srbiji
Društvo -
Koronavirus je u prvom i drugom talasu u Srbiji prošao određene mutacije kojima dominira u takozvanoj grupi 20B u svetskoj Banci gena, pa uslovno možda može i da se govori o srpskom soju korone. Iako su mutacije normalna pojava, iako one, po rečima stručnjaka, ne nose nikakve značajne promene u samom virusu, jasno je da je korona u Srbiji dobila neke svoje, makar i simbolične, karakteristike.
Klasifikacija
U našoj zemlji mutacije na genomu koronavirusa prate istraživači uglednog Veterinarskog specijalističkog instituta Kraljevo, gde su nam viši naučni saradnik dr Dejan Vidanović, „omiljeni srpski veterinar“ dr Milanko Šekler i direktor dr Mišo Kolarević pokazali kako sekvenciraju koronu. Britanski soj još nisu našli, ali su poređenjem gena utvrdili da se srpski virusi, prema jednoj od međunarodnih klasifikacija, mogu svrstati u šest takozvanih grupa ili klada - 20A, 20B, 20C i 20D, 20A.EU2 i 20E.EU1. To znači da je virus došao u Srbiju iz različitih zemalja, pre svega iz Švajcarske, Italije, Nemačke, Danske, Austrije i SAD.
- Kada pročitamo genom iz naših uzoraka, ubacujemo ga u Banku gena (Gene bank) i GISAID, platforme gde svako besplatno daje genome i besplatno ih uzima pa upoređuje. Banka ima 300.000 sekvenci, ali je samo 3.000 reprezentativnih, jer računar više ne može da obradi - priča dr Vidanović, koji nas je prethodno proveo kroz sve faze sekvenciranja korone.
Na ekranu nam pokazuje 20B grupu virusa u Banci gena - gotovo sve linije (genomi) su crvene, što je boja za one iz Srbije. Sive (boja za genome drugih država) samo su po dve linije iz Engleske i Hrvatske i po jedna iz Nemačke i Slovačke.
Treći talas
- Srpski uzorci u 20B su iz aprila, maja i juna, i svi oni, što je i karakteristično za sve evropske izolate, imaju mutaciju D614G na S (spajk) proteinu, koji služi za vezivanje korone za ljudsku ćeliju. Ali ta mutacija ne menja karakteristike virusa, kao ni ostale koje su na našim izolatima. Najmanji broj mutacija u 20B ima uzorak iz aprila, poreklom iz Novog Sada - četiri, a najviše onaj iz Kraljeva iz jula - 22, što je i logično - što je duže virus bio tu, više je i mutirao - ističe dr Vidanović.
foto: Zorana Jevtić
On pokazuje kako se jasno vidi da se ovakav virus širio po Srbiji - imalo ga je i u Vojvodini, na jugu - Niš, Leskovac, Vranje, Pirot, a najviše u zapadnoj Srbiji. A skoro u potpunosti je nestao iz Srbije s drugim talasom. U trećem talasu je bilo znatno više koronavirusa iz drugih grupa.
- Iako u grupi 20B, koja ima slične karakteristike i mutacije virusa, ima dosta uzoraka iz Srbije, ne bih se usudio da to nazovem srpskim sojem. Zato što su u Banci gena samo reprezentativni uzorci, ali ni oni nisu iz celog sveta, jer neke države i nemaju uslove da rade sekvenciranje. I pre svega zato što Srbija u regionu najviše sekvencira. I Hrvatska, Slovenija, BiH, S. Makedonija i Crna Gora to čine, ali u manjem broju, dok neke zemlje uopšte ne, poput Albanije i Bugarske, pa ne znamo da li i koliko ovakvog virusa ima i kod njih - zaključuje dr Vidanović, koji dodaje da mu je u sekvenciranju pomogla koleginica Bojana Tešović, kao i da je ovo deo projekta Vlade Srbije „Nacionalna studija seroprevalencije i molekularna karakterizacija SARS-CoV-2 tokom epidemije u populaciji Srbije“, na čijem čelu je prof. Tatjana Pekmezović, a tu su i profesorke Tanja Jovanović i Aleksandra Knežević, koje na Medicinskom fakultetu u Beogradu, takođe, rade sekvenciranje koronavirusa.
Milanko Šekler nam kaže da je korona vrlo nezgodan virus.
- Kod korone je nemoguće povezati sekvence s kliničkom slikom ili tim da li je, recimo, sklona da više napada mlađe ili starije, kao što je slučaj s gripom. Sve zavisi od samog stanja organizma, a ne od virusa - ističe Šekler i dodaje da britanski soj još nije toliko mutirao da daje težu kliničku sliku ili da ne deluju postojeće vakcine, i da još nisu našli ništa ni blizu tome u Srbiji.
Mišo Kolarević: Prvi na mnogo načina
Mišo Kolarević, direktor Instituta, ističe da su oni prvi u Srbiji uveli realtime PCR metode obrade uzoraka, kao i sekvenciranje genoma.
- Još 2006, posle ptičijeg gripa, uveli smo realtime PCR, a 2007. kupili smo prvi aparat za sekvenciranje, koji smo koristili i za svinjski grip. A 28. marta lane, na poziv kriznog štaba, ušli smo u PCR testiranje, a već u aprilu počeli sekvenciranje genoma - kaže i dodaje da su referentna laboratorija za osam životinjskih bolesti.
SEKVENCIRANJE KORAK PO KORAK
laminarna komora - bris se ubaci u rastvor za umrtvljavanje u komori čije strujanje vazduha sprečava da virus izađe i zarazi nekoga
foto: Zorana Jevtić
epruveta potom ide na aparat, gde na 70 stepeni Celzijusa pola sata traje inaktiviranje virusa
uzorak se ubacuje u uređaj za ekstrakciju RNK, što traje manje od sat vremena
foto: Zorana Jevtić
odvojena RNK (0,1 ml) ide u mikrotitracionu ploču
pretvaranje RNK u DNK ( DNK korone je 29.903 nukleotida dugačak) - 98 pari prajmera (nukleinsko kiselinskih lanaca) za 98 fragmenata virusa - slaže se dok se ne sklopi čitav genom, tzv. multipleks PCR (polymerase chain reaction - reakcija lančanog umnožavanja DNK)
foto: Zorana Jevtić
fragmenti ukupno 11 uzoraka idu u tzv. flou aparatu za sekvenciranje i plus 12. negativni, kontrolni.
aparat je povezan s računarom i svaki uzorak prolazi kroz nanoporu da se očitaju dugačke kombinacije slova A, C, G, T. Tih 11 uzoraka daje čak ukupno 105 GB podataka
filogenetska analiza - kao stablo s granama - povezani su uzorci koji imaju isto poreklo - od jedne osobe se virus proširilo na nekoliko ili nekoliko desetina njih
podaci se ubacuju i u Banku gena, gde se vide poklapanja s nekim uzorcima iz drugih država - pa ima i poklapanja i od 99% i 100% sa onima iz SAD, Francuske, Australije, Norveške, Švajcarske, Austrije, Nemačke, Luksemburga, Danske, Litvanije...
