Međutim, u godinama koje su usledile, zahvaljujući pre svega politici međunarodne zajednice, nadležnosti entiteta su "osipane", a sve više nadležnosti prebacivano je na nivo BiH.
Iako i ne postoji u Ustavu BiH, institucija Viskog predstavnika preuzela je tako na sebe ustavotvornu, zakonodavnu, a često i sudsku vlast, i to najviše na štetu Republike Srpske.
Stvorene su brojne institucije koje uopšte nisu bile predviđene Dejtonskim sporazumom, dok su od Republike Srpske oduzete ukupno 83 nadležnosti.
U decembru 1996, Predsedništvo BiH donelo je odluku da Savet ministara ima samo tri ministarstva i to Ministarstvo za spoljne poslove, spoljnu trgovinu i ekonomske odnose i civilne poslove. Samo četiri godine kasnije, pod pritiskom međunarodne zajednice formirana su i ministarstva za ljudska prava i izbjeglice, za trezor institucija BiH, a nešto kasnije visoki predstavnik nameće izmene zakona o Savetu ministara, kojim se uvode Ministarstvo transporta i komunikacija, Ministarstvo bezbednosti i Ministarstvo pravde. Kasnije je Zakonom o odbrani formirano i Ministarstvo odbrane, čime je faktički ukinuta Vojska Republike Srpske.
DODIK: Otete nadležnosti uskladiti sa Dejtonskim sporazumom
Osim novih ministarstva, sa entiteta na zajedničke institucije prenesene su brojne nadležnosti iz oblasti odbrane, bezbednosti, pravde. Formirane su obaveštajno-bezbednosne agencije, Visoki sudski i tužilački savet, Sud i Tužilaštvo BiH, a na zajedničke organe preneseni su i carina i indirektni porezi, ali i jedinstvena evidencija ličnih podataka.Srpska je ostala bez delova nadležnosti iz oblasti energetike, javnih nabavki, telekomunikacija, statistike, koncesija, akreditovanja...
Često su od entiteta oduzimane i naizgled nevažne nadležnosti, kao što je bezbednost saobraćaja, a jedini cilj je bio da se što više oslabe entiteti, a ojačati BiH. Zaustavljanje prenosa nadležnosti počelo je očuvanjem Ministarstva unutrašnjih poslova Republike Srpske, koje je nekoliko puta bilo na udaru, ali i nadležnosti iz oblasti poljoprivrede, u kojoj su pritisci trenutno možda i najjači.
Prenošenja više neće biti, poručuju vlasti Republike Srpske, koje najavljuju korak po korak - vraćanje oduzetih nadležnosti.
