Kilmer je pripadnik sajentološke crkve, a na Reditu je izneo tvrdnje da se izlečio od raka zahvaljujući molitvama prijatelja, porodice i fanova. Iako glumac negira, veruje se da se Kilmer podvrgao operaciji, pošto je u decembru 2015. godine fotografisan sa cevčicom na grlu, koju obično nose pacijenti nakon operacije tumora u grlu. Kilmer ipak tvrdi da se izlečio samo zahvaljujući molitvi.
"Veoma sam zahvalan na molitvama i pozitivinim mislima iz celog sveta. Ljudi koji znaju da sam sajentolog pretpostavljaju da sam nekako ugrozio svoj život. Ali, mnogi su se tokom istorije izlečili molitvom i mnogi su umrli uprkos modernoj medicini", napisao je između ostalog Kilmer.
