On je zajedno s bivšim komandantom vojske samoproglašene RSK Milanom Čeleketićem, koji živi u Vojvodini, optužen za raketiranje Karlovca i Jastrebarskog u maju 1995. godine, odnosno Čeleketić i za raketiranje Zagreba.
Obojica su nedostupna hrvatskom pravosuđu, pa će im se suditi u odsustvu, a suđenje vodi sudija Tomislav Juriša. Prema optužnici, njih Martić i Čeleketić odgovorni su za raketni napad na Zagreb, Jastrebarsko i Karlovac u kojem je u maju 1995. poginulo sedam civila, dok ih je 218 ranjeno.
Budući da je Martić u Hagu osuđen zbog raketiranja Zagreba, njemu će se suditi samo za raketni napad na Karlovac i Jastrebarsko. U napadu na Zagreb ubijeno je sedmoro civila, dok u napadima na Karlovac i Jastrebarsko nije bilo žrtava, ali je prićinjena velika materijalna šteta.
Jedan od krunskih dokaza protiv Martića i Čeleketića su njihove izjave objavljene na televiziji, u kojima su rekli da su oni izdali naredbu za raketiranje i da će to ućiniti ponovo.
Martićevo javno hvalisanje da je lićno naredio granatiranje Zagreba kao odmazdu za hrvatsku akciju "Bljesak" u zapadnoj Slavoniji bio je krunski dokaz i na suđenju u Hagu.
