Kupci galaksija S4 dobijaju znatno manje prostora za skladištenje pošto je uređaj prepun fabričkog softvera, aplikacija i sistemskih fajlova koji zauzima skoro polovinu od dostupnih 16GB.
Neke od ovih fabričkih fajlova potrebni su kako bi korisnici mogli da koriste sve nove funkcije na telefonu, ali postoji i veliki broj onih nepotrebnih, a najveći problem leži u činjenici da ih je nemoguće ukloniti. Iako je uobičajeno da telefoni i tableti izlaze na tržište sa manje slobodnog prostora za skladištenje od navedenog, ali u većini slučajeva korisnicima na raspolaganju ostaje do 80 odsto slobodnog prostora za skladištenje kao što je to slučaj sa Neksus uređajima dok Motorola i HTC dolaze sa 60 odsto slobodnog prostora. A u vezi sa ovim problemom oglasio se i Samsung: "Kod modela galaksi S4 sa 16GB otprilike 6.85GB zauzima sistemski deo interne memorije, koji je 1GB veći nego kod modela S3, kako bi korisnici imali ekran veće rezolucije i naprednije funkcije. Kako bi korisnicima pružili najbolji mogući doživljaj pri korišćenju telefona na raspoloaganju im stoji i mikro SD slot za eksternu memoriju". Mogućnost korišćenja mikro SD kartice nešto je što veliki broj korisnika traži pri kupovini novog uređaja, ali i tu postoji problem, pošto Samsung ne dozvoljava instaliranje aplikacija na karticu već samo fajlove, fotografije, video snimke i muziku.
