Rođen je 9. januara 1856. godine u Negotinu, završio je gimnaziju u Beogradu, upisao se, pod uticajem Svetozara Markovića, na prirodno-matematički smer Velike škole. Kao gimnazijalac bio je član Srpskog pevačkog društva. Uz pomoć Društva, 1879. godine otišao je na muzičke studije u Minhen, kod J. Rajnberga. Zbog jednog incidenta je privremeno prekinuo studije 1883, ali ih je nastavio 1884. u Rimu, kod Parizotija, a od 1885. do 1887. na Konzervatorijumu u Lajpcigu.
Godine 1884. postaje horovođa pevačkog društva Kornelije Stanković, a 1887. godine dirigent Beogradskog pevačkog društva. Od 1887. do 1900. radio je i kao nastavnik muzike u Prvoj beogradskoj gimnaziji, a od 1901. kao predavač pojanja u Bogosloviji. Zajedno sa Stanislavom Biničkim i Cvetkom Manojlovićem osnivač je prve stalne muzičke škole 1899. – Srpska muzička škola u Beogradu (današnje ime „Mokranjac"), čiji je direktor bio do svoje smrti. Njegovom zaslugom osnovan je prvi gudački kvartet u Srbiji.
Njegovo delo smatra se najznačajnijom etapom u razvoju srpske nacionalne muzike u 19. veku (“Rukoveti”, “Primorski napjevi”, “Liturgija”).
Mokranjac je posvetio veliki deo svog stvaralaštva pravoslavnoj duhovnoj muzici, najvećim delom zasnovanoj na tradicionalnim napevima srpskog crkvenog pojanja. Tu se, pre svega, ističe monumentalna Liturgija (Božanstvena služba Svetog Jovana Zlatoustog), zatim Opelo, Akatist, Dve pesme na Veliki petak, Tri statije, Tebe Boga hvalim, Veličanije Svetom Savi i druga dela koja po svojim kvalitetima stoje ravnopravno sa njegovim najboljim kompozicijama iz oblasti svetovne muzike.
Vredno je radio i kao melograf: poznati su njegovi zapisi Narodnih pesama i igara sa melodijama iz Levča, kao i dve značajne zbirke zapisa sa srpskim crkvenim napevima: Osmoglasnik i Strano pjenije.
U čast 161-godišnjice rođenja rodonačelnika srpske muzike Stevana Stojanovića Mokranjca, rođenog u Negotinu 9. januara 1856, predstavnici institucija kulture, lokalne samouprave, škola koje nose njegovo ime i sela Mokranja, odakle je rodom kompozitorova porodica, položiće danas u 17.30 cveće i vence na njegovu bistu, rad Nebojše Mitrića, u dvorištu Mokranjčeve rodne kuće u Negotinu.
Ovdašnji Dom kulture “Stevan Mokranjac” – koji već 51 godinu svakog septembra organizuje i festival Mokranjcu u čast, “Mokranjčeve dane”, u okviru obeležavanja 9. januara, posle ceremonije rezanja slavskog kolača u 18 sati koju će svojim nastupom upotpuniti hor negotinske crkve Sveta Trojica pod upravom Svetlane Kravčenko – promovisaće 18. broj časopisa “Mokranjac”. Proslavu će u Galeriji Doma kulture zaokružiti nastup studenata Filološko-umetničkog fakulteta Univerziteta u Kragujevcu.
