Stanišić i Simatović su bili optuženi za ratne zločine počinjene na području Hrvatske i BiH i za učestvovanje u udruženom zločinačkom poduhvatu.
Haško tužilaštvo je izreklo žalbu na oslobađajuću presudu tražeći da se dvojica funkcionera SDB-a proglase krivima po svim tačkama optužnice. Optužnica je Stanišića i Simatovića teretila i za zločine progona, ubistva, deportacije i prisilnog premeštanja hrvatskog i muslimanskog stanovništva.
Tužilaštvo je tražilo da se utvrdi da su zločini počinjeni u okviru udruženog zločinačkog poduhvata kojem je na čelu bio tadašnji predsednik Srbije Slobodan Milošević.
Prvostepenom oslobađajućom presudom bilo je utvrđeno da su Stanišić i Simatović slali u Hrvatsku i BiH jedinice specijalne namene SDB-a tzv. "crvene beretke" koje su sa "škorpionima", srpskom dobrovoljačkom gardom Željka Ražnatovića Arkana, te milicijom SAO Krajine počinile zločine.
To, međutim, nije bilo dovoljno da se utvrdi njihova odgovornost za te zločine jer nije dokazano da su ih slali s namerom da se počine zločini. Ponuđeni dokazi nisu po prvostepenom veću dokazali ni njihovu nameru učestvovanja u udruženom zločinačkom poduhvatu.
Sud je Stanišiću i Simatoviću, koji su na privremenoj slobodi do izricanja presude, naložio povratak u pritvor u Ševeningenu. Njih dvojica pušteni su na slobodu nakon oslobađajuće presude u maju 2013.
